Акушериялық-гинекологиялық көмек сапасының менеджменті бөлімі келесі құрылымдық бөлімшелерден тұрады:
­- ұйымдастыру және менеджмент;
­- дәлелді медицина;
- ­патенттану;
­- кітапхана.
Бөлім басшылары болып м.ғ.к.Макатова В.А, б.ғ.к Улыбаева Р.К. жұмыс істеді. Қазіргі кезде АГжП ҒО профессоры, м.ғ.к.  Бикташева Х.М. бөлім басшысы болап табылады. Негізгі қызметінің бағыттары:
­әлеуметтік-медициналық
­акушерия мен гинекологиядағы медициналық-демографиялық зерттеу
­әлеуметтік-биологиялық және әлеуметтік-гигиеналық ықпалды зерттеу
 ­репродуктивті денсаулық жағдайының факторлары
­бала босанатын жастағы әйелдердің репродуктивті мінез-құлқын зерттеу
­түсіктердің медициналық-әлеуметтік аспектілері мен олардың репродуктивті қызметке ықпал етуі
­жасөспірім қыз балалардың денсаулық жағдайын зерттеу
­ жүкті және босанған әйелдердің ауыр экстрагениталды патологиясы мен акушерлік асқынуларға талдау жүргізу.
Бөлімнің ұйымдық-әдістемелік жұмысы келесі бағыттар бойынша жүргізіледі:
1. Ана мен нәрестенің денсаулық жағдайының көрсеткіштерін және профилактикалық-емдеу мекемелерінің қызметін талдау, оларды жақсарту бойынша іс-шаралар әзірлеу.
2. Репродуктивті денсаулықтың қорғалуын жетілдіру бойынша іс-шаралар.
3. Халықаралық конференциялар, съездер, симпозиумдар ұйымдастыру және өткізу;
4. дәрігер мамандардың біліктілігін арттыру және кадрлар даярлау.
5. Қазақстан Республикасының босандыру мекмелерінің тәжірибелік және консультациялық көмегін ұйымдастыру.
6. Ғылыми жетістіктерді денсаулық сақтау тәжірибесіне енгізу.
7.Тұрғындар арасында білім беру ортасын ұйымдастыру.
8. Репродуктивті денсаулық мәселелері бойынша халықаралық ұйымдармен (ЮНФПА, ЮСАИД, ДДСҰ) ынтымақтастық орнату.
9. Баспа қызметі.
Денсаулық көрсеткіштерінің динамикасын зерттеу елдегі ана мен баланы қорғау қызметінің ары қарай дамуы үшін аймақтық тәсілдерді әзірлеу мен болжам жасаудың негізі болды, репродуктивті денсаулықты басқару механизмдері ұсынылды және оны жетілдіру бойынша ғылыми негізделген технологиялар әзірленді. Репродуктивті денсаулық пен репродуктивті мінез-құлықты жан-жақты талдау бала босанатын жастағы әйелдердің әлеуметтік мәнді сырқаттарының рөлін  анықтауға мүмкіндік берді. Ананың репродуктивтік жоғалтуының заңдылығы, олардың өңірлік ерекшелігі, түрлі жастағы топтардың жиілігі мен құрамы анықталып, іс-шаралардың ғылыми негізделген жүйесін әзірлеуге мүмкіндік берді.
Акушерия мен гинекологиядағы заманауи технологиялар бойынша  өңірлердің қажеттілігін, халықаралық тәжірибе мен ұсыныстарды зерттеу акушерия-гинекология, анестезиология, реаниматология, неонатаология, медициналық генетика бойынша тақырыптық білімін жетілдіру, циклдерінің, шеберлік-сабақтардың жүргізілуі,  жұмыс орнында біліктіліктің арттырылуы бойынша 16 бағыт анықталып,  жыл сайын 400 астам мамандардың біліктілігі арттырылады. АГжП ҒО-да акушерия, гинекология және перинатология проблемалары бойынша жыл сайын халықаралық конгрестер, симпозиумдар мен ғылыми-практикалық конференциялар өткізіледі.
Орталық қызметкерлерінің ғылыми зерттемелері мен тәжірибелік ұсыныстары Денсаулық сақтау минситрлігінің директиквалық құжаттарына және ұлттық бағдарламаларға енгізілген.
Жыл сайын республиканың акушер-гинекологтарының тәжірибе алмасуы бойынша ғылыми еңбектері мен мақалаларының, ана өлім-жітімін талдау бойынша жинақтар, елегі әйелдер денсаулығының көрсеткіштерінің анықтамалығы жарық көреді. Акушерия мен гинекология бойынша нұсқаулықтар мен оқу құралдары, клиникалық дәрістер, акушерияның өзекті мәселелері бойынша тәжірибелік құралдар, перинатология, жүктілік пен экстрагениталды аурулар бойынша шұғыл көмек көрсету жайлы нұсқаулықтарбасылып шығарылды. ҚР ДСӘДМ акушерия және гинекология бойынша клиникалық хаттамалары мен бұйрықтар жинағы бар.
Кітапханада акушерия, гинекология және перинатология бойынша 20 мыңнан астам мамандандырылған
әдебиеттер бар.

Организационно-методический отдел

Хазина Мұсатайқызы Бикташева ­ акушерия мен гинекологияда 30 жылдан астам уақыт жұмыс істеп келеді, еңбек жолы аудандық акушер-гинеколог маман ретінде ауылдық жерде басталып, кейіннен облыстық аурухананың бас дәрігерінің орынбасары, облыстың бас акушері, Денсаулық сақтау министрлігінде басқарма басшысы қызметтерінде жалғасты. Соңғы жылдары Ғылыми орталықта еңбек етіп келеді. Осы жылдар ішінде ұйымдастыру, ғылыми және тәжірибелік қызметтерді қатар алып келеді.  
Жоғары санатты дәрігер, жоғары қауіп-қатер тобындағы жүкті әйелдер мен гинекологиялық науқастардың диагностикасы мен терапиясының заманауи әдістерін меңгерген маман. Ғылыми бағдарламалардың жетекшісі болып табылады, босандыру қызметіндегі талдау мен менеджмент әдістемесін жетік меңгерген. Ол акушерлік-гинекологиялық қызметті ұйымдастырудың жаңа үлгілерін әзірлеп, ұсынған. Отандық және халықаралық баспаларда жарық көрген 120 еңбектің, соның ішінде 5 монография, 6 әдістеме, 17 мақалаланың авторы. Халықаралық ұйымдардың өкілдерімен бірлесе отырып, отбасын жоспарлау, қазіргі заманға контрацептивтік технологиялар мен тиімді перинаталдық технологиялар мәселелері бойынша семинарлар, конференциялар, тренингтер өткізеді. Мыңжылдықты дамыту мақсаттары бойынша Ұлттық есептің авторы болып табылады. Дипломнан кейінгі даярлық кафедрасында педагогикалық қызмет атқарады.