Акушерия, гинекология және перинатология Ғылыми орталығының стратегиялық міндеті жоғары мамандандырылған медициналық көмекті дамытуға, ресурстарды тиімді пайдалануға, медициналық көмек сапасын жақсартуға, жаңа репродуктивті әдістер мен технологияларды енгізуге, зерттеу нәтижелерін ана мен ұрықтың өлімін төмендету мақсатында тәжірибелік денсаулық сақтауға енгізе отырып, ғылыми-зерттеу бағдарламаларын әзірлеуге бағытталған.