АГжП ҒО науқасқа қолдау көрсету және медициналық қызметтердің сапасын ішкі бақылау қызметі жұмыс істейді.
Бекітілгендиагностика және емдеу хаттамаларына сәйкес медициналық көмек сапасын бақылау құрылымдық бөлімшенің бас міндеті болып табылады.  
Орталықтың қызметкерлері, акушерия мен гинекология, неонатология,  генетика, репродуктолог, функционалдық диагностика, ультрадыбыстық диагностика,  лабораториялық зерттеу, эпидемиолог және патоморфолог мамандықтары бойынша ҚР ДСӘДМ аккредиттелген тәуелсіз сарапшылар,  медициналық қызметтердің сапасына сараптамалық бағалау жүргізеді.
Сараптама жүргізу кезінде медицина қызметтерін көрсету технологияларының денсаулық сақтау стандарттарына сәйкестігі бағаланады, науқастар мен олардың туыстарына сауалнама жүргізу арқылы кадрлық және материалдық техникалық қорларды пайдалану тиімділігі мен қамтамасыз етілуі бағаланады, емделушілердің медициналық көмектің кепілді көлемін алу және жүргізілетін емдеу шаралары туралы науқастарға ақпарат беру құқықтарының сақталуы бақылауға алынады.
Сараптамалық қорытынды нәтижелері дәрігерлік конференцияларда, аурухана ішілік комиссияларда және орталықтың ұжымымен өткізілетін жиналыстар басқарушылық шешімдер қабылдау үшін баяндалады.